Bankia surgió como consecuencia del proceso de reestructuración del sistema de cajas de ahorro impulsado por el Banco de España a través de un modelo financiero denominado Sistema Institucional de Protección (SIP). En el año 2010 se crea el Banco Financiero y de Ahorros fundado conjuntamente por Caja Madrid y Bancaja, al que se han adherido La Caja de Canarias, Caixa Laietana, Caja de La Rioja, Caja Ávila y Caja Segovia. Esta operación conocida en términos financieros como fusión fría está controlada por Caja Madrid entidad que gestionará conjuntamente unos 340000 millones de euros de activos y recibirá ayudas del FROB cercanas a los 4465 millones.
El Banco Financiero y de Ahorros se constituyó el 3 de diciembre de 2010 y comenzó a operar el 1 de enero de 2011. El dos de marzo de 2011 se presentó el nuevo nombre comercial, Bankia, que nace de la unión de siete entidades financieras española, con presencia mayoritaria en sus zonas de influencia. La fusión de las siete cajas se realizó en sólo cuatro meses, ya que el contrato de integración se firmó el 30 de julio de 2010. La unión se realizó bajo la figura de un Sistema Institucional de Protección, conocida como fusión fría. Está presidida desde su constitución por Rodrigo Rato.
En marzo de 2011 las asambleas de las siete cajas de ahorros que forman parte de su accionariado aprobaron traspasar todos sus activos y pasivos a Bankia, reservándose el nombre comercial, la obra social y una serie de edificios considerados históricos.
La nacionalización parcial de Bankia ha generado un cruce de acusaciones entre los dos principales partidos. Varios dirigentes autonómicos del PSOE han responsabilizado directamente al PP de la crisis de Bankia que ha llevado a la nacionalización parcial de la entidad, y en concreto han acusado a los gobiernos de Madrid y la Comunidad Valenciana.
El líder de los socialistas madrileños, Tomás Gómez, y el de los valencianos, Ximo Puig, han coincidido en culpar a los gobernantes de sus respectivas comunidades por la gestión de Caja Madrid y Bancaja, las dos principales entidades integradas en Bankia.