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La investigación muestra que es posible identificar el origen de un grupo de enfermedades mediante el análisis de la evolución de un virus en quien reside y entre otros individuos. Este tipo de investigación se conoce ampliamente como análisis filogenético.

En los casos, del Estado de Washington frente a Anthony Eugene Whitfield y el Estado de Texas frente Padieu Philippe, se demostró que Whitfield y Padieu a sabiendas propagraon el VIH a través de múltiples parejas sexuales sin protección.

El Dr. David Hillis, el Dr. Mike Metzker y sus estudiantes graduados fueron capaces de identificarlos mediante muestras de sangre, usando el procedimiento de doble ciego. «Nuestra investigación demuestra que el origen de la transmisión de la enfermedad pueden ser identificados mediante el análisis filogenético «, dijo Hillis, Alfred W. Roark profesor de la Universidad de Texas en Austin. «Este tipo de análisis puede y se ha utilizado tanto para exonerar a los falsamente acusados, así como pruebas de convicción.» Los científicos publicaron sus resultados en PNAS Early Edition en la semana del 15 de noviembre.

El VIH se desarrolla rápidamente en los individuos infectados en el transcurso de unos meses, por lo que el virus no se puede comparar entre un emisor y un individuo recién infectados para un resultado exacto. No es tan fácil como comparar directamente el ADN de dos individuos para confirmar la paternidad. Incluso dos muestras del VIH de la misma persona, tomados con  varios meses de diferencia, serán diferentes porque el virus está evolucionando tan rápidamente.

«Dentro de una persona determinada, no hay una sola cepa, pero si una población de cepas porque el VIH muta todo el tiempo cuando se generan  nuevos viriones, «dijo Metzker, profesor asociado en Baylor. «Durante la transmisión, sin embargo, hay un cuello de botella genético en el que sólo uno o dos virus son transmitidos al destinatario.»

Para entender los orígenes de las infecciones de las mujeres víctimas, por lo tanto, los científicos necesitan reconstruir la historia evolutiva de los virus. Para ello, el laboratorio de Metzker en Baylor College of Medicine , primero aisló y secuenció los genes del VIH en muestras de sangre tomadas a ciegas de los acusados, de las víctimas y de otras personas VIH positivas que vivían en la misma zona que las víctimas y el acusado.

Metzker envió las secuencias de genes (todavía sin identidad) al laboratorio Hillis en la Universidad de Texas en Austin, donde se construyen historias evolutivas de los virus mediante la realización de los análisis filogenéticos. En cada uno de los casos, identificaron la muestra de la persona desconocida que compartía los subconjuntos de genes del VIH que se relacionan con los otros individuos en el caso. «Este individuo era la única persona que podía haber infectado a los demás», dijo Hillis.

En cada caso, el individuo fuente se reveló en el juicio cuando se dio a concoer el número de código ciego en la muestra de sangre, a la corte de justicia.

«No sabíamos la información hasta el juicio», señaló Hillis. «Acabamos de nuevo que se había identificadoa  la única persona cuya  población de VIH era consistente como la fuente de las infecciones múltiples.»

Hillis ha servido como testigo experto en Washington frente a Whitfield y trabajó en el análisis forense de Texas frnte a Padieu. En ningún caso se le llamó a declarar. Él testificó en un juicio histórico en 1998, del Estado de Louisiana frente  Richard J. Schmidt, sobre el uso de análisis filogenético en los casos de transmisión viral.