Según la Unión Europea, la agricultura ecológica es un sistema de producción agrícola que proporciona al consumidor alimentos frescos, sabrosos y auténticos, al mismo tiempo que respeta los ciclos vitales de los sistemas naturales. Para ello, siempre según la UE, se basa en una serie de objetivos y principios, así como en unas prácticas comunes diseñadas para minimizar el impacto humano en el medio ambiente, mientras se asegura que el sistema agrícola funciona de la forma más natural posible.

En el libro Los Productos Naturales, ¡Vaya Timo!, aparece lo siguiente:

(…) Otro problema serio de salud relacionado con la agricultura ecológica lo ocasiona su exaltación enfermiza de la coprofilia. El artículo 12 del reglamento de 2007 prohíbe el uso de fertilizantes nitrogenados a favor del “estiércol animal o materia orgánica, ambos de preferencia compostados, de producción ecológica”. Utilizar únicamente estiércol es también un problema. El estiércol presenta una serie de microorganismos contaminantes, entre ellos la temible cepa de E. coli O157:H1. La probabilidad de intoxicarse por coliformes fecales es ocho veces mayor en la producción ecológica que en la convencional. Y no son números vacíos. En 1997, varias intoxicaciones relacionadas con la producción ecológica ocasionaron 21 muertes en el condado inglés de Lancashire. En 2007 una cosecha de espinacas ecológicas causó en California 200 infecciones, de las que tres acabaron en muerte. Por tanto, si te invitan a una ensalada ecológica, asegúrate de que la lechuga esté muy muy muy limpia. Si no, te arriesgas a comer caca.

Después de la gran polémica desatada por los pepinos españoles a finales de mayo de 2011 como causantes del raro y letal brote de E. coli O104:H4, todos los datos apuntan que de nuevo la culpa tras estos brotes de E. coli se encuentran en la agricultura ecológica.

Más concretamente, todas las evidencias apuntan a unos brotes de soja y otras semillas cultivados mediante agricultura ecológica en Bienenbüttel, en la Baja Sajonia alemana. El número total de infectados registrado se acercó a las 4 000 personas, con un total de 42 muertos.
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