A pesar de las medidas de conservación durante el proceso de producción, se han dado numerosos casos de leche en polvo contaminada por ‘Salmonella spp’ y ‘Cronobacter sakazaki’, que han llegado a provocar daños cerebrales y hasta la muerte en bebés y niños pequeños.
La leche en polvo infantil no es producto estéril y puede estar contaminada con bacterias durante el proceso de fabricación si no se procesa adecuadamente, convirtiéndose así en una amenaza potencial para la salud de los bebés y niños pequeños cuando esta leche llega al mercado.El uso de altas temperaturas durante el procesamiento es eficaz para garantizar la seguridad del producto, sin embargo, pueden causar desnaturalización de la proteína y reducción del valor nutricional. Debido a las diferencias de composición, la leche de vaca, base principal de la leche infantil, suele suplementarse con una serie de compuesto bioactivos para simular la composición de la leche materna.
Entre los suplementos se encuentran vitaminas que son sensibles al calor y proteínas (e.g. lactoferrina). Estas medidas adicionales pueden conducir a la recontaminación de la leche en polvo infantil después del procesamiento térmico. Como tal, hay una necesidad de proporcionar a los fabricantes de leche en polvo infantil un método de tratamiento fiable que reduzca la carga de microorganismos sin que por ello disminuya la calidad nutricional del producto.