La intoxicación alimentaria producida por microorganismos es el mayor riesgo de la alimentación diaria. En este término, cabe distinguir entre infecciones e intoxicaciones. Cuando los microorganismos en la comida causan una enfermedad, es una infección alimentaria. Un ejemplo conocido puede ser la Salmonella. En otros casos, no son los microorganismos los que causan la enfermedad, sino las toxinas que excretan. En ese caso, es una intoxicación, que puede ser, por ejemplo, la causada por hongos productores de micotoxinas.Las frutas y las hortalizas, frescas o procesadas, son un factor en alza en las intoxicaciones alimentarias causadas por microbios. Esto es debido fundamentalmente a la extensión del comercio global, el aumento de las distancias de transporte desde el productor al consumidor, el creciente número de productos procesados y, a veces, los insuficientes estándares de higiene en la cocina.

La bacteria de la salmonela, la bacteria EHEC y los virus se propagan a través de la fruta y las hortalizas frescas. Incluso una minúscula cantidad de esos microorganismos puede provocar una diarrea seria. Los productos preparados, como la fruta cortada y las ensaladas de lechugas pueden ser especialmente peligrosos, puesto que se les ha privado de su mecanismo natural de conservación al cortarlos.

El calentamiento, un paso importante en la producción de zumo de frutas y conservas, lleva a la eliminación total de las bacterias anteriores. El uso de la presión es otra medida que se puede tomar para reducir la cantidad de gérmenes peligrosos.

Sin embargo, en condiciones desfavorables, incluso en ausencia de aire, las trazas de la bacteria Clostridium botulinum pueden sobrevivir incluso en latas de fruta y hortalizas. Esta bacteria puede generar la toxina botulínica, que puede ser letal. Los controles rutinarios llevados a cabo por los productores y las organizaciones gubernamentales del área del control alimentario mantienen el riesgo de esta y otras intoxicaciones alimentarias bajo control.

En cualquier caso, y como medida preventiva, el consumidor puede limpiar a conciencia las frutas y hortalizas frescas, consumir tan pronto como sea posible los productos cortados y tirar las latas de conserva si la tapa está hinchada o no suena al abrirla.