El paso inicial en la fabricación del queso es hacer que participen las enzimas coagulantes de la  leche, es decir, las proteínas encargadas de crear una masa a partir de la leche. La renina (un tipo de enzima) cataliza la rotura de un enlace simple de la caseína (una proteína) de la leche a una cierta temperatura. Esto desestabiliza la proteína y promueve su precipitación, formando así la cuajada. El líquido restante o suero se extrae y la cuajada se procesa, convirtiéndose en queso u otros productos lácteos. La extrema especificidad de la renina por la caseína convierte a esta enzima en ideal para la fabricación de quesos. Una mayor proteólisis (es decir, rotura de proteínas) de la caseína puede dar como resultado la producción de quesos con mejor sabor. La renina se obtiene del cuarto estómago de los terneros. Su extracción frecuentemente implica un tratamiento prolongado de vaciado y secado del estómago con una solución salina que contiene ácido bórico. El extracto enzimático resultante se conoce como cuajo y contiene numerosas enzimas con múltiples actividades. La renina representa no más del 2-3% de cada preparación de cuajo.

La tasa de matanza de terneros refleja la demanda del mercado por la carne de ternera. Su fluctuación tiene un efecto obvio en la disponibilidad y en el precio del cuajo. Por esta razón se han buscado muchas fuentes alternativas. Las preparaciones de pepsina (otro tipo de enzima), obtenidas a partir de diversos animales de matadero, han tenido limitado éxito en este aspecto y son a veces usados en combinación con preparaciones de cuajo. Por esta razón se ha buscado enzimas de otros organismos. De todas las enzimas microbianas observadas, pocas inducen satisfactoriamente la formación de la cuajada. Se ha visto que muchas especies del hongo termófilo Mucor producen una alternativa aceptable para la renina de ternero. Las enzimas de Mucor podrían ser producidas de forma económica y en cantidades satisfactorias mediante fermentación. Como la renina, estas enzimas catalizan la rotura limitada de la molécula de la caseína y funcionan adecuadamente bajo las condiciones en las que se produce el queso. La mayoría de estas enzimas, sin embargo, son termoestables y necesitan altas temperaturas para inactivarse.

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